داستان بازی در بیست سال بعد از جنگهای اتمی به وقوع می پیوندد.زمانی که روسیه به علت عوامل شیمیایی و انواع بمب ویران شده است.فضای شهر کاملا فاسد و مخروبه شده و حتی تنفس هم در آن ممکن نیست و ناچارا مردم به کانال ها و ایستگاه مترو پناه آوردند و اکنون زیرزمین ها وتونل ها هستند که ایالتهای روسیه را شکل میدهند. شما در این بازی باید سربازی به نام آرتیوم را کنترل کنید که همراه با دوستان و سربازان دیگر وظیفه آزاد سازی افراد و نجات جان مردم باقیمانده و نیز پاکسازی تونل ها و مترو ها را بر عهده دارد.شما در این مکان تنها نیستید گروه های خرابکار و گروه هایی که نگرش نئونازیسم دارند و موجودات جهش یافته در جای جای تونل ها و مترو ها پراکنده هستند.بین این گروه ها درگیری های زیادی شکل گرفته که با گذشت هر روز به وضع وخیم روسیه می افزاید و کنترل این گروه ها لحظه به لحظه سخت تر و دشوار تر میشود.شما باید در حکومت مطلق این گروه ها و موجودات، اولا زنده بمانید دوما وظیفه ی خود را به درستی انجام دهید.بسیاری از بازیباز ها و منتقدان داستان بازی را بر مبنای کمیک نوشته شده توسط دمیتری گلوخوفسکی (Dmitry Glukhovsky) میدانستند اما اینگونه نشد و سازندگان اعلام کردند که داستان MLL دارای داستانی جداگانه نسبت به کمیک ۲۰۳۴ میباشد.

اما در میان این سیاهی ها رگه های امید نمایان میشوند…یخ های سطح مسکو که اکنون شهری یخ زده است در حال ذوب شدن هستند.شایعاتی مبنی بر نمایان شدن خورشید در جای جای این تونل ها شنیده می شود و شما از معدود افرادی هستید که توانایی نجات مردم از این فلاکت و بدبختی را دارید و نگاه تمامی مردم بی گناه به سمت شما و گروهتان است.پس آماده شوید!مردم روسیه منتظر شما هستند.